بنا به اعلام دفتر آموزش های آزاد دانشگاه، پذیرفته شدگان دوره‌های نوبت دوم (رشته‌های غیر علوم پزشکی) و ظرفیت مازاد (دانشکده علوم پزشکی) مقطع دکتری دانشگاه در هر نیمسال تحصیلی باید به میزان ۱۲.۵ درصد از شهریه کل دوره را پرداخت نمایند و به منظور رفاه حال آنان، ۳۵ درصد شهریه نیمسال اول سال تحصیلی ۱۴۰۱-۱۴۰۰ به صورت الکترونیکی و در هنگام ثبت نام غیر حضوری پرداخت شده و الباقی شهریه نیمسال، بعد از ثبت نام نهایی و انتخاب واحد بصورت الکترونیکی حداکثر تا تاریخ ۱۰ دی ماه از دانشجویان دریافت می‌گردد.
کلیه پذیرفته شدگان مکلفند در هنگام ثبت نام حضوری یک فقره چک معتبر و بدون تاریخ به میزان شهریه یک نیمسال ( ۱۲.۵ درصد از شهریه کل دوره) را نزد حسابداری معاونت آموزشی، به ودیعه بسپارند. برای رشته گرایش دانشکده‌های علوم انسانی، مدیریت و اقتصاد و حقوق مبلغ ۹۸۱ میلیون و ۴۱۵ هزار و ۱۲۵ ریال، رشته گرایش دانشکده‌های علوم پایه، فنی و مهندسی، کشاورزی، منابع طبیعی و هنر و معماری مبلغ ۱۶۰ میلیون و ۲۸۶ هزار و ۱۵۳ ریال و رشته گرایش دانشکده علوم پزشکی مبلغ ۵۷۰ میلیون و ۷۴۴ هزار و ۱۷۴ ریال (شهریه دروس جبرانی، پیش نیاز، مردودی، حذف پزشکی، حذف اضطراری و نظایر آن) تعیین شده است.
شهریه مصوب دکتری برای ۸ نیمسال تحصیلی بوده و شهریه مازاد بر ۸ نیمسال به صورت روز شمار محاسبه و از دانشجویان دانشگاه دریافت می شود.
دانشجویان شاهد و ایثارگر (فرزندان و همسران شهدا، جانبازان ۲۵ درصد به بالا و فرزندان و همسران آنان، آزادگان و فرزندان و همسران آنان) در زمان ثبت نام غیر حضوری نیازی به پرداخت شهریه ندارند. البته دانشجویان شاهد و ایثارگر مکلفند همانند سایر دانشجویان یک فقره چک معتبر به میزان شهریه یک نیمسال دوره دکتری (۱۲.۵ درصد از شهریه کل دوره) را نزد حسابداری معاونت آموزشی به ودیعه بسپارند.
بنا به اعلام دفتر آموزش های آزاد دانشگاه؛ شهریه دریافتی در صورت انصراف دانشجو به هیچ وجه مسترد نخواهد شد .
متقاضیان دوره‌های پردیس دانشگاهی و دانشجویان بین الملل (غیرایرانی) دکتری آموزشی پژوهشی کلیه دانشکده‌ها (بجز دانشکده علوم پزشکی) نیز در هر نیمسال تحصیلی باید به میزان ۱۲.۵ درصد از شهریه کل دوره را پرداخت نمایند، ۳۵ درصد شهریه نیمسال اول سال تحصیلی ۱۴۰۱-۱۴۰۰ به صورت الکترونیکی از طریق سامانه جامع آموزشی گلستان و در هنگام ثبت نام غیر حضوری پرداخت می‌گردد. الباقی شهریه نیمسال، بعد از ثبت نام نهایی و انتخاب واحد بصورت الکترونیکی حداکثر تا تاریخ ۱۰ دی ماه سال جاری از دانشجویان دریافت می شود.
دانشجویان بین الملل (غیر ایرانی) مقطع دکتری پژوهش محور کلیه دانشکده‌ها بجز دانشکده علوم پزشکی، ۵۰ درصد شهریه ثابت برای ثبت نام نیمسال اول سال تحصیلی ۱۴۰۱-۱۴۰۰ به صورت الکترونیکی و در هنگام ثبت نام غیر حضوری پرداخت می کنند و الباقی شهریه ثابت و شهریه متغیر نیمسال، بعد از ثبت نام نهایی و انتخاب واحد بصورت الکترونیکی و حداکثر تا تاریخ ۱۰ دی ماه از آنان دریافت می‌شود